Die frühneuzeitlichen Sammlungen der Forschungsbibliothek Gotha sind enzyklopädisch ausgerichtet. Kern ist eine herausragende Sammlung zur Geschichte und Rezeption der Reformation.
 

Die um 1653 durch Ernst den Frommen begründete Kunstkammer bildet den Ursprung der bedeutenden und vielfältigen Sammlungen auf Schloss Friedenstein in Gotha. Der Bestand umfasst wertvolle Gold- und Silberschmiedearbeiten, Bernstein- und Elfenbein-Objekte, Gemälde, Grafiken, Münzen u.v.m.

Die Sammlung orientalischer Handschriften ist maßgeblich im frühen 19. Jahrhundert entstanden. Sie ist heute die drittgrößte Sammlung dieser Art in der Bundesrepublik Deutschland.
 

Die Sammlung Perthes ist das einzige auf dem europäischen Kontinent erhaltene neuzeitliche Kartenverlagsarchiv. Sie überliefert einzigartige Zeugnisse zu allen auf den Raum bezogenen Wissenschaften vom späten 18. bis Ende des 20. Jahrhunderts, deren Medien Karten sind.